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近日，国际知名期刊Plant Physiology and Biochemisty在线发表了经作所棉花分子遗传改良创新团队的研究论文“Genomic and epigenomic insights into the mechanism of cold response in upland cotton (Gossypium hirsutum)”（IF=6.5/Q1）。

该研究对团队自育品种源棉11号的基因组进行了从头组装，获得了2343.06 Mb的四倍体基因组，并成功地将2296.43 Mb（98.01 %）定向到26条染色体中，共注释了7 3821个蛋白质编码基因。YM11和五个棉属异源多倍体棉的比较，挖掘到了大量

的结构变异SV和存在/不存在PVA变异。该研究进一步分析了冷胁迫下YM11幼苗的转录组和代谢组变化，使用CUT&Tag方法，研究了冷胁迫下全基因组H3K4me3和H3K9ac修饰模式以及组蛋白变化对基因表达的影响，筛选了显著且持续变化的组蛋白修饰和受修饰影响的表达基因，强调了转录因子（TF）的作用。该研究结果表明H3K4me3、H3K9ac修饰的变化与冷胁迫应答基因激活之间存在正相关。这种基因组组装和全基因组组蛋白修饰和基因表达的综合分析为陆地棉花基因组变异和表观遗传对冷胁迫的反应提供了新思路。

经作所王俊铎研究员、梁亚军研究员为论文第一作者，李雪源研究员为论文通讯作者。该研究工作得到自治区科技重大专项“机械化棉花新品种培育与技术示范”项目资助。(经作所 阳妮 梁亚军)